应用经济学是国家重点学科的大学有中国人民大学、中央财经大学、南开大学、厦门大学等。
应用经济学：双一流高校
1、中国人民大学（国家重点学科）
2、北京大学
3、中央财经大学（国家重点学科）
4、厦门大学（国家重点学科）
5、南开大学（国家重点学科）
6、复旦大学
7、辽宁大学
8、西南财经大学
9、上海财经大学
10、对外经济贸易大学
中国人民大学：
国民经济管理系发轫于中国人民大学 1950 年命名组建时的八大创校专业，具有悠久的办学历史、优良的学术传统和强大的影响力，是新中国经济学科的学术重镇和重要起点。
中国人民大学应用经济学科连续三轮在教育部组织的一级学科评估中排名全国第一，在2017年第四轮评估中获评A+，并入选国家“世界一流大学和一流学科”建设名单。学院下设3个本科专业（国民经济管理、能源经济、数字经济），2个本科双学士学位复合型人才培养项目（应用经济 - 数据科学双学士学位复合型人才培养项目 、应用经济 - 农村区域发展管理双学士学位复合型人才培养项目），6个学术型硕士专业（国民经济学、国防经济学、区域经济学、城市经济学、产业经济学、能源经济学），1个专业学位硕士项目（碳经济）和1个全英文硕士项目（中国经济），5个学术型博士专业（国民经济学、区域经济学、城市经济学、产业经济学、能源经济学），以及1个博士后流动站（应用经济学）。
中央财经大学
经济学科是财经类大学的办学之基，中央财经大学经济学科在1952年北京大学、清华大学、燕京大学、辅仁大学经济系科合并的基础上开始发展，陈岱孙等老一辈经济学家为学校经济学科发展奠定了坚实的基础。
经济学院拥有理论经济学和应用经济学一级学科的博士后流动站、博士学位授权点和硕士学位授权点，拥有4个国家级重点学科、2个北京市重点学科。经济学院是中央财经大学理论经济学的主要建设单位和应用经济学的重要建设单位，承担了政治经济学、西方经济学、经济史、经济思想史、世界经济、人口资源与环境经济学六个理论经济学二级学科点和国民经济学、产业经济学、区域经济学、劳动经济学四个应用经济学二级学科点的建设任务。在2017年教育部第四轮学科评估中，中央财经大学应用经济学学科与北京大学、中国人民大学排名并列第一，理论经济学学科在财经类院校中排名并列第一。
厦大经济学科包含经济学院、王亚南经济研究院（WISE）、邹至庄经济研究中心三个教学科研单位，形成了“三位一体”的发展格局。其中，厦门大学经济学院于1981年9月15日经教育部批准由原厦门大学经济系升格成立， 1982年 5月 24日 举行成立大会，是中国大陆重点综合性大学建立的第一所经济学院，是我国最重要的经济学教学科研基地之一，在全国经济学领域一直处于领先地位，在国际上有一定影响。
经济学院是厦门大学规模最大的学院，具有悠久的历史和深厚的学科底蕴，现有经济学系、统计学与数据科学系、财政系、金融系、国际经济与贸易系和经济研究所、宏观经济研究中心、中国能源经济研究中心等8个教学科研单位；拥有1个国家级实验教学示范中心，1个国家级虚拟仿真实验中心，1个福建省统计科学重点实验室，3个福建省人文社科重点研究基地，应用经济学、理论经济学、统计学3个一级学科博士授权点（涵盖20个二级学科）、3个博士后流动站；设有11个本科专业，30个硕士专业，22个博士专业，理论经济学、应用经济学和统计学3个一级学科博士授权点，3个博士后流动站；出版《中国经济问题》（CSSCI来源期刊）、《经济资料译丛》两个学术期刊。
南开大学：
经济学院学科专业门类较为齐全，是拥有学士、硕士、博士等多层次教学和学位授予权的教学科研单位。现有理论经济学、应用经济学2个一级学科国家重点学科，有政治经济学、世界经济、金融学、区域经济学、经济史、国际贸易等6个二级学科国家重点学科。学院设有经济学、国际经济与贸易、财政学、国际商务4个本科专业和经济、管理、法学复合型人才试点班。在政治经济学、经济思想史、经济史、西方经济学、世界经济、人口资源与环境经济学、区域经济学、财政学、金融学、产业经济学、国际贸易学、劳动经济学、数量经济学、统计学、城市经济学等15个学科招收和培养硕士研究生。理论经济学和应用经济学均已获得一级学科博士学位授予权，覆盖经济学门类的16个二级学科。目前在政治经济学、经济思想史、经济史、西方经济学、世界经济、人口资源与环境经济学、区域经济学、金融学、国际贸易学、产业经济学、数量经济学、财政学、劳动经济学等13个学科招收博士研究生。有理论经济学和应用经济学2个博士后流动站，共有博士后226人，在站33人。